Die Feinde der Schädlinge, sogenannte Nützlinge, werden gezielt in befallenen Gebieten eingesetzt.
Eine Art dieser Bekämpfung ist der Einsatz von Schlupfwespen. Diese legen ihre Eier in die Larven von beispielsweise Käfern, Motten und Faltern ab. Die aus den Eiern der Schlupfwespe geschlüpften Larven fressen die Schädlinge von innen auf.

Ein weiteres Beispiel für natürliche Schädlingsbekämpfung sind bestimmte Arten von Nematoden (Fadenwürmer). Durch sie lassen sich z.B. Dickmaulrüssler, Trauermücken, Engerlinge und sogar Schnecken bekämpfen. Die Nematoden dringen in die Larven der Schädlinge ein und töten diese ab.

In der biologischen Schädlingsbekämpfung muss jedoch darauf geachtet werden, dass der Einsatz von Nützlingen nicht zu gegensätzlichen, unerwünschten Schäden führt.